Chương trình mới sẽ tập trung nhiều hơn nữa vào việc giảng dạy y đức và tính chuyên nghiệp cho sinh viên, giúp sinh viên sẽ có thái độ tốt với người bệnh, đồng nghiệp, có trách nhiệm với cộng đồng, xã hội trong hành nghề y sau này.
Bắt đầu từ năm học 2016-2017, Khoa Y - Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh sẽ thực hiện đổi mới chương trình đào tạo bác sĩ y khoa. Đây là chương trình được xây dựng dựa trên chuẩn năng lực bác sĩ y khoa đã được Bộ Y tế ban hành và dựa trên chuẩn đầu ra của Đại học Y Dược TP.HCM. Chương trình đổi mới sẽ được thực hiện theo kiểu cuốn chiếu bắt đầu từ năm thứ nhất và sẽ hoàn tất trong vòng 6 năm.