Bộ môn Nhiễm luôn đẩy mạnh công tác nghiên cứu khoa học góp phần nâng cao chất lượng đào tạo sau đại học. Từ năm 1999 đến 2019, bộ môn đã thực hiện và nghiệm thu 93 công trình nghiên cứu khoa học về bệnh Truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới (1đề tài cấp bộ và 3 đề tài cấp sở, 88 đề tài cấp cơ sở). Sau 20 năm thực hiện các đề tài nghiên cứu, bộ môn có công bố 333 bài báo khoa học trên các tạp chí chuyên ngành, trong đó có 57 đề tài công bố trên tạp chí nước ngoài.

Các giảng viên bộ môn đã tham gia và có tên tác giả trên rất nhiều công trình nghiên cứu đăng tải trên các tạp chí y học uy tín quốc tế thuộc khuôn khổ hợp tác giữa Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Thành Phố Hồ Chí Minh và Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng Đại Học Oxford (Anh Quốc) được tổ chức Wellcome Trust tài trợ.

Ngoài ra, Bộ môn Nhiễm cũng đã xây dựng được quan hệ hợp tác trong đào tạo sau đại học và nghiên cứu khoa học với các đối tác trong và ngoài nước. Bộ môn phối hợp chặt chẽ với các khoa lâm sàng, khoa Vi sinh thuộc bệnh viện Bệnh Nhiệt đới; Trung tâm Y Sinh học Phân tử thuộc Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh khi thực hiện các đề tài nghiên cứu có liên quan.

Với các đối tác ngoài nước, Bộ môn có hợp tác với: giáo sư Claudio Tiribelli, Viện nghiên cứu lâm sàng bệnh gan FIF, Trieste, Italy, nghiên cứu về bệnh viêm gan siêu vi B, viêm gan siêu vi C, xơ gan và ung thư gan; và PGS. TS Nguyễn Tiến Huy, Khoa miễn dịch di truyền, Viện Y học Nhiệt đới (NEKKEN), Đại học Nagasaki, Nagasaki, Nhật Bản trong các nghiên cứu về sốt xuất huyết dengue và viêm gan siêu vi B.

Các lĩnh vực nghiên cứu chính của Bộ môn hiện nay gồm bệnh sốt xuất huyết dengue người lớn và trẻ em, nhiễm HIV/AIDS, viêm gan siêu vi, nhiễm trùng đường ruột, nhiễm khuẩn huyết, các bệnh lây từ động vật sang người, các bệnh nhiễm trùng mới nổi hay tái nổi, vấn đề kháng kháng sinh của vi khuẩn. Kết quả của những nghiên cứu cũng được trình bày trong Hội nghị hàng năm của Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh, hội nghị toàn quốc của các hội chuyên ngành như Hội Truyền nhiễm Việt Nam, Hội Truyền nhiễm Thành Phố Hồ Chí Minh, Hội gan mật....Ngoài ra, kết quả nghiên cứu cũng được áp dụng trong giảng dạy, trong biên soạn tài liệu phục vụ cho việc học tập của sinh viên và học viên sau đại học.